En 1876, à San Francisco, le capitaine Nathan Algren, hanté par les souvenirs des atrocités du génocide des Indiens auquel il a participé, retrouve une nouvelle forme d'espoir en la personne de son ancien sergent qui lui propose une occasion de recouvrer son honneur : il le convie à rejoindre les hommes du jeune empereur japonais Meiji, afin de lutter à leurs côtés contre les rebelles du pays qui ont pris les traits de Katsumoto, chef de file de ces guerriers intemporels, les Samouraïs qui résistent à l'occidentalisation progressive du pays. Nathan Algren est chargé de former une armée impériale modernisée, mais au cours d'un combat dangereux contre les hommes de Katsumoto, il est fait prisonnier par ce dernier...
